Kamis, 05 Januari 2012

Installasi Gaussian 03 di LINUX

Keterpaksaan membuat kita mendapatkan pengalaman baru, dalam hal ini saya harus bisa menggunakan beberapa program dan mesti memahami cara menggunakan dan penggunaannya. Rasa penasaran membuat beberapa hari ini untuk selalu mencoba dan mencoba. Mengapa mencoba? Dengan minimnya informasi terkait cara menginstall program untuk komputasi itu (Gaussian under Linux) saya tidak cepat menyerah. Karena teman-teman di AIC-lab komputasi kimia jurusan Kimia UGM belom ada yang  mencobanya. Gaussian program komputasi yang mahal itu biasanya diambil dari forumakademi.org dan di pasang di PC. Pilihan operasi di Linux untuk Gaussian itu karena ke-ringan-an dalam beban operasinya. Untuk yang under windows ‘diduga’ cukup membebani kerja PC. Itulah mengapa dipilih yang under linux, yang installasinya “tidak repot” ternyata.
Download kedua file rar dari link forumakademi.org, ekstrak dengan program yang tersedia di linux yg kita gunakan ke dalam folder /home/”user”, kemudian:
Selanjutnya dengan text editor edit file  .bashrc yang tersembunyi dalam folder home (jangan lupa Show hidden file ya) .
Tambahkan “baris” source /home/”user”/g03/bsd/g03.profile ke dalam file .bashrctersebut.
Kemudian simpan dan tutup text editor tadi.
Lanjutkan dari terminal ke /home/”user”/g03/tests/com/ dan coba running sebuah job:
cd /home/”user”/g03/tests/com
g03 < test100.com > test100.log
Jika semua jalan dengan benar, g03 akan berjalan untuk beberapa detik atau menit tergantung kemampuan PC kita, dan semestinya tidak ada error dalam  test100.log, yang pada baris terakhir log itu tertulis “Normal termination of Gaussian 03 at (the date the job finished).”
Cara tersebut saya terapkan di Linux OpenSuse 11.0 dan Gaussian dapat  juga berjalan dengan benar di linux Ubuntu.
Tulisan ini dibuat untuk sekedar pembelajaran bagi penyuka kimia komputasi tapi sedikit gagap linux seperti saya.  Saya prihatin sekali dengan minimnya info terkait komputasi kimia di web Indonesia, padahal banyak yang bisa komputasi kimia.
Posted by at Tidak ada komentar:

Ekstensi OOChem di OpenOffice.Org untuk Penyisipan Rumus Kimia

Seolah tidak mau ketinggalan dengan Microsoft Office, OpenOffice.Org dalam memberikan layanan untuk program perkantoran terutama yang berhubungan dengan kimia ia juga memberikan kekhususan tersendiri bagi kimia. Maklum saja pengetikan kimia beda dengan pengetikan biasa. Sering diperlukan rumus-rumus kimia dan lain-lain.
Untuk memasang (meng-install) OOChemistry, anda harus memiliki OpenOffice.org yang sudah terpasang lebih dahulu misalnya baik untuk sistem operasi berplatform Windows, Linux, Solaris, *BSD, dan sebagainya, dan Java 1.6 runtime (Sun JRE 6 dan OpenJDK 6 pada platform x86 dan x86_64). Java harus teraktifkan dalam OpenOffice.org.  Jika anda menjumpai kesalahan (error) selama pemasangan (installation), anda mungkin memerlukan pemasangan paket OpenOffice.org-java-common atau yang sejenisnya.
Cara menginstall bisa cukup klik ganda file OOChem-0.1.0-alpha.oxt, atau kalau gagal anda bisa menambahkan secara manual, pada menu openoffice org klik Tool —> Extension Manager…—> Pilih tombol Add (ada di bagian bawah) —> Pilih file hasil unduhan OOChem-0.1.0-alpha.oxt  —> Ikuti petunjuk berikutnya hingga selesai.
Gambar 1. Tampilan layar bagian awal pesanagan ekstensi OOoChemistry.
Untuk membuat struktur kimia pada dokumen, pilih item menu  Insert->Object->OLE Object… dan pilih JChemPaint Chemical Diagram. Jendela JChemPaint akan muncul. Buat gambar yang anda inginkan dan tutup jendela JChemPaint – gambar akan tersimpan (tersisip – insert)dalam dokumen. Untuk mengedit diagram atau struktur, klik ganda pada struktur itu.
Gambar 2. Layar JChemPaint saat digunakan.
Gambar 3. Layar OpenOffice writer ketika disisipkan strukutur senyawa alanin hasil dari JChemPaint.
Unduh (download) OOo Chemistry di sini sebesar 5,66 MB.
Unduh OpenOffice.org versi 3.2.1 untuk Windows  di sini sebesar 148 MB.
Unduh OpenOffice.org versi 3.2.1 untuk sistem operasi lain selengkapnya bisa mungunjungi situs kambing.ui.edu.
Unduh Java runtime 1.6.0.21 dari sini sekitar 15,32 MB sesuaikan dengan sistem operasi yang anda gunakan.
Posted by at Tidak ada komentar:

Chemical Excellet,Software kimia

Salah satu syarat belajar kimia adalah memahami konsep matematika atau berhitung dengan baik. Namun itu bukanlah “nyawa” pelajaran kimia. Jadi matematika bukanlah segala-galanya untuk bisa memahami kimia dengan baik. Kadang justru siswa SMA sering dipusingkan dengan hitungan dalam kimia, siswa fokus ke hal itu dan akibatnya mereka lupa konsep kimia yang seharusnya ia pahami. Matematika dalam pelajaran kimia hanyalah sebagai alat.  Tetapi penggunaan alat dengan benar tetap akan menentukan hasil akhir dalam belajar kimia.
Saya baru saja ingat bahwa ada “aplikasi kecil” yang dibuat dengan Excel yang dan dapat kita manfaatkan untuk belajar kimia. Ada pengembang yang telah membuat “alat” untuk memberikan kemudahan agar kita tidak disibukkan dalam hal hitungan matematis dalam kimia. Salah satunya adalah Chemical Excelets, yang lain akan saya bahas di lain waktu. Excelets sendiri merupakan simulasi pemodelan matematika yang mengunakan aplikasi spreadsheet excel (bisa juga diterapkan untuk openoffice.org). Jadi Chemical Excelets adalah excelets yang dibuat untuk perhitungan matematis untuk kimia (dalam hal ini adalah kimia umum) untuk kimia yang lebih spesfik kita bisa menelusuri pranala yang diberikan pada web yang memberikan Chemical Excelet itu.
Salah satu aplikasi Chemical Excelets
Untuk bisa menggunakan Chemical Excelets pada komputer yang kita pakai harus terinstall aplikasi spreadsheet (misalnya microsoft office excel dan openoffice spreadsheet). Selanjutkan kita tinggal membuka file yang khusus digunakan untuk perhitungan kimia tertentu.
Di web Chemical Excelets tersedia banyak sekali file-file dengan format *.XLS untuk bisa digunakan dalam membantu perhitungan kimia tepatnya kimia umum, boleh juga digunakan untuk pembelajaran kimia SMA. Menurut saya aplikasi yang tersedia lebih dari cukup kalau untuk digunakan di SMA. Guru bisa melakukan modifikasi soal bahasa sehingga siswa bisa memanfaatkannya.
Meskipun Chemical Excel sangat membantu dalam pembelajaran tapi tetap harus diingatkan bahwa pengguna juga harus paham dalam konsep berhitung pada pokok bahasan di kimia. Ini semacam penggunaan kalkulator, siswa harus tahu lebih dulu konsep berhitung baru boleh menggunakan kalkulator untuk memperlancar pembelajaran materi berikutnya.
Pada Chemical Excelets tersebut setiap “kalkulator”nya sudah disediakan hand out yang bisa memandu kita bagaimana menggunakan alat tersebut secara benar dan efektif.
Saya sudah download semua file Chemical Excelets tersebut dan membundelnya dalam satu folder sebesar 20-an MB, dan setelah di saya kompres menjadi kurang lebih hanya 3,40 MB saja. Kalau tertarik anda boleh mengunjungi web ini untuk mendownlaod Chemical Excelets dan mendownloadnya satu persatu sesuai kebutuhan. Kalau mau langsung dapat satu paket keseluruhan saya bisa kirim ke email anda, syaratnya tinggalkan alamat email anda atau tulis komentar dibagian bawah tulisan ini. Atau kalau masih aktif silahkan unduh dari link Ziddu Download Chemical Excelets. Gratis.
Posted by at Tidak ada komentar:

Manfaat Kimia Komputasi Dalam Pembelajaran



1. Dapat menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan eksperimen.

2. Dapat sebagai alat hitung –seperti halnya kalkulator- untuk membantu penyelesaian secara numerik dari persamaan matematika yang menggambarkan sifat sistem, misalnya dalam penyelesaian perhitungan stokiometri, termasuk juga otomatisasi alat ukur yang dapat mengkonversi signal elektronik menjadi data numerik.

3. Dapat sebagai alat visualisasi dan animasi

4. Membantu kita mengeksplorasi sifat senyawa dan pada umumnya program tersebut telah dilengkapi dengan visualisasi dan animasi, seperti program HyperChem, Gaussian, Turbomol, Rasmol dll.

5. Menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan Kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata.


6. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. Proses denatrasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom.

Source :Prof.Harno Dwi Purnomo
Posted by at Tidak ada komentar:

Rabu, 04 Januari 2012

MarvinSketch untuk Pengajaran Kimia


Banyak hal yang bisa dimanfaatkan dari MarvinSketch untuk pengajaran kimia. Gambar dan animasi molekul dapat dibuat dengan mudah. Selanjutnya dapat disisipkan dalam media pembelajaran kimia. Tutorial berupa video untuk mengefektifkan MarvinSkecth dapat dilihat atau diunduh dari sini. MarvinSketch adalah software kimia hanya untuk visualisasi rumus struktur kimia yang gratis, bisa dijalankan di sistem operasi Windows dan Linux juga MacOS. Mau mencicipinya silahkan unduh dari web ChemAxon ini.

Ilustrasi Tampilan MarvinSketch 5.3.8
Jika terbiasa dengan ChemDraw kita bisa mengkonfigurasinya dengan model tampilan menu dan tool menjadi seperti ChemDraw. Untuk itu bisa dilakukan dengan klik View-Configuration-pilih tampilan yang diinginkan.
Manual atau cara penggunaan MarvinSketch dapat dilihat dari situs resminya dari sini. Selain itu dapat juga dipelajari lebih lanjut setelah kita mengunduh dan memasangnya di komputer kita, karena ada menu Help yang dapat digunakan untuk memahami teknis penggunaannya.
Jika masih kurang paham juga kita bisa mengajukan pertayaan di forum resminya di sini. Silahkan register terlebih dahulu kemudian ajukan pertanyaan. Tidak lama akan banyak yang memberikan jawaban dan penyelesaian atas masalah yang ingin kita pecahkan.
Eksplorasi lebih lanjut dari MarvinSketch ini dapat dimanfaatkan untuk pengolahan beberapa data-data kimia. Memang dalam setiap software semacam ini kebanyakab sangat membantu para kimiawan yang bergelut dalam bidang kimia organik. Namun tidak menutup kemungkinan untuk digunakan oleh cabang kimia lainnya.
Untuk pembelajaran kimia di tingkat sma keberadaan software semacam ini sangat membantu guru dalam memvisualkan struktur molekul dari sebuah senyawa. Visualisasi ini dapat dibuat 3 dimensi dapat diputar serta menunjukkan sifat fisika dari molekul.
Posted by at Tidak ada komentar:

Menggambar Struktur Lewis Menggunakan ChemSketch


Penggambaran struktur molekul menurut Lewis (aka struktur Lewis) merupakan gambaran yang masuk akal yang bisa diterima selama ini. Visualisasinya biasanya menggunakan dot atau tanda x atau yang lain, juga boleh menggunakan variasi warna. Tujuan penggambaran ini hanyalah untuk memudahkan siapa saja yang ingin memahami struktur atom atau molekul.
Jika ingin mengambarkan struktur Lewis secara manual tidaklah sulit. Namun pada saat menuliskan/menggambar dengan program olah kata itu akan menyulitkan. Oleh karena itu akan lebih mudah kalau menggunakan perangkat lunak pendukung yang khusus. Misalnya dengan menggunakan Chemsketch.
Penggunaan ChemSketch untuk menggambar struktur Lewis sangat mudah. Di situ sudah tersedia beberapa model dan kita bisa menambahkannya sendiri sehingga pada saat diperlukan kita tinggal klik saja.
Cara menggambar struktur Lewis:
  1. Buka ChemSketch: Klik Start-> Program -> ACDLabs 12 -> ChemSketch
  2. Klik F5 atau klik menu Template -> Template Windows
  3. Pilih model struktur Lewis yang sesuai dengan meng-klik-nya dan kemudian klik pada area kerja ChemSketch. Misalnya saya pilih struktur Lewis dari CH4.
  4. Pindahkan dari mode Structure ke mode Draw agar struktur Lewis tadi bisa dikopi
  5. Klik struktur Lewis tadi kemudian kopi dengan Tombol Ctrl + C atau klik Edit -> Copy
  6. Buka pengolah kata yang biasa anda pakai.
  7. Letakkan (paste/rekat) pada posisi di mana anda akan meletakkan struktur Lewis kemudian Ctrl+V atau klik menu Edit -> Paste pada pengolah kata tadi
  8. Lakukan hal yang sama untuk struktur Lewis lainnya.
Bagaimana kalau kita ingin menambah model Lewis yang tidak tersedia di Template-nya ChemSketch?
Berkas (file) untuk template ini sebenarnya terletak pada c:\program files\acdfree12\template\. Kita bisa memodifikasi dan membuat sendiri template yang belum tersedia. Untuk menambah atau memodifikasi template yang ada.
  1. Buat model struktur lewis secara manual pada mode Draw. Gunakan atau aktifkan Tool Edit Texts yang berada tepat di bawah tulisan Draw. Mulailah menggambar struktur Lewis satu persatu dan dengan menggunakan beberapa template yang tersedia (seperti dot dll). Setelah selesai menggambar itu lakukan grouping dengan klik menu Object dan pilih Group. Jangan lupa sebelumnya seleksi semua gambar tadi. Untuk mengkopi bagian tertentu praktis (tekan tombol Ctrl sambil men-drag apa yg akan dikopi kemudian meletakkan di sisi lain.
  2. Setelah selesai pada menu Templates klik Save User Template…
  3. Isikan nama template dan tempat penyimpanan template yang anda buat pada folder tertentu.
  4. Template siap digunakan dan secara otomatis ada dalam jendela template windows.
Demikian, jika kurang jelas dari tutorial ini boleh didiskusikan pada kotak komentar.
Tulisan terkait:
Posted by at Tidak ada komentar:
Langganan: Postingan (Atom)